Интерьер Капитульного храма святых Петра и Павла
Один из главнейших элементов интерьера храма святых Петра и Павла - крупный саркофаг из камня: гроб святого Лонгина, датируемый XI-XII веками. По легенде, в нём привезли из Рима останки мученика-христианина, свидетеля распятия Божьего Сына Иисуса. Останки Лонгина, покоящиеся в Вышеграде, гуситы сбросили в реку вместе с саркофагом. Однако каменный гроб всплыл, а тело святого отправилось в путешествие по бездонному омуту Влтавы. Вытащенный из воды саркофаг рыбаки стали использовать под улов, то есть прямо в нём продавать на рынке рыбу. Продолжалось это до тех пор, пока они не заметили необычную закономерность - одного за другим рыбака настигали всевозможные несчастья. Тогда они собрались и отвезли гроб назад в Вышеград. Но рыбаки были не единственными, кто осквернил священный саркофаг: ближе к середине XVIII века его использользовали французы в качестве конской поильни. Так, по версии исследователей, в нём появилось соответствующее отверстие.
Пять капелл, посвящённых святым Яну Крестителю, Анне, Франтишеку Серафинским, Яну Непомуцкому и Деве Марие находятся в левом нефе храма. Здесь же располагается барочная роспись гипотетического Вышеграда догуситского периода. Правый боковой неф имеет пять капелл с изображением святого Климента в представлении Карела Шкрета младшего (сына знаменитого художника, который был приверженцем стиля чешского барокко). Особое внимание привлекает капелла с копией образа Девы Марии Дождевой (Вышеградской), оригинал которой хранится в Национальной галерее при монастыре святой Анежки. Написанный на доске и выполненный в готическом стиле образ относится к концу правления Карла IV, по воле которого святыню доставили из Италии в Чехию.
Перед прихожанами храма предстаёт облачённая в длинную синюю накидку Дева Мария, которая присела на зелёном лугу, чтобы накормить дитя. При этом луг цветущий, а небо подобно накидке Марии - такое же синие и лишённое полумесяца. А тот, между прочим, лежит на траве, у ног Божьей Матери. Дюжина звёзд обрамляет голову святой, на руках которой покоится маленький Иисус в богатом одеянии, указывающем на его не простое происхождение. Обратная сторона образа гласит, что он выполнен рукою святого Луки. Под хрустальным стеклом хранится небольшая часть одеяния Богоматери, особенно почитаемая паломниками.
Дождевой Мадонна стала называться, когда в засушливое время к ней обратились за помощью, и она, по свидетельствам верующих, послала им трёхдневный дождь. Другой образ Девы Марии, представленный в виде статуи и называемый Девой Марией Шанцовской, является не менее чудотворным и после перестройки капеллы святой Анны архитектором Моккером установлен на алтаре часовни.